Токсичність фунгіцидів для рослинних організмів залежить від хімічної природи, концентрації або дози препарату, віку рослин, анатомії і морфології їх тканин, особливостей метаболізму, погодних умов і ін. Обробка вегетуючих рослин динітроортокрезолом або нітрафенолом, дозволених до вживання лише в період спокою значно знижує врожайність. При завищених в порівнянні з рекомендованими дозах або концентраціях фунгіциди, наприклад, масляні розчини метафосу, фталана, можуть викликати опіки і відмирання тканин. Деякі фунгіциди забруднюють рослини і їх продукцію, передають їм свій неприємний запах і смак, наприклад, похідні гексахлорану. У малих дозах окремі фунгіциди стимулюють розвиток рослин.

Для теплокровних тварин (і людини) більшість фунгіциди є слабко токсичними — летальна доза (ЛД), при якій гине 50%, від 500 до 11 000 міліграм на 1 кг маси. Роботи з фунгіцидами мають проводитися з дотриманням правил техніки безпеки, при обов’язковому використанні засобів індивідуального захисту – спецодяг, спецвзуття, респіратори і тощо. Більшість фунгіциди безпечні або малонебезпечні для комах, наприклад для бджіл.

Деякі фунгіциди, хлорорганічні з’єднання та інші, відрізняються підвищеною стійкістю в біологічних середовищах, повільно руйнуються, що створює небезпеку їх накопичення в природних умовах, у тому числі в рослинах, а отже, в рослинних продуктах – опускаються залишки 0,05—2 міліграм в 1 кг продукту. Унаслідок своєї універсальності окремі фунгіциди придушують також корисні мікроорганізми, комах, птахів, риб, що при систематичному вживанні може привести до порушення біологічної рівноваги в біоценозах.

Щоб уникнути несприятливого впливу фунгіцидів на довкілля, необхідно суворо дотримувати правила використання фунгіцидів, особливо дози і термінів обробок. У багатьох країнах використання фунгіцидів регламентується законом.